الإجراءات المتابعة لتستطيع الهيئة إنشاء نوعين من الأجهزة الفرعية:
لجان للدستور تتولى وضع مشاريع المواصفات وتعرضها على الهيئة
لجان الموضوعات العامة، وهي تعمل على مجموعة واسعة من الأغذية. ويُشار إلى هذه اللجان أيضاً بأنهااللجان الأفقية
لجنة المبادئ العامة، تستضيفها فرنسا
لجنة توسمي الأغذية، تستضيفها كندا؛لجنة أساليب التحليل وأخذ العينات، تستضيفها المجر
لجنة نظافة الأغذية، تستضيفها الولايات المتحدة
لجنة مخلفات المبيدات، تستضيفها هولندا
لجنة الإضافات الغذائية والملوثات، تستضيفها هولندا
لجنة التفتيش وإصدار الشهادات للواردات والصادرات الغذائية، تستضيفها أستراليا
لجنة الأغذية والتغذية للاحتياجات التغذية الخاصة، تستضيفها ألمانيا (وهي تكون لجنة عامة عندما يكون الموضوع هو التغذية
لجنة مخلفات العقاقير البيطرية في الأغذية، تستضيفها الولايات المتحدة
لجنة نظافة اللحوم والدواجن، تستضيفها نيوزيلندا.
تقييم الأخطار وتقريرا لمستوى المناسب من حماية صحة الإنسان أو النبات
تقييم يتناسب مع الأوضاع للأخطار التي تتعرض لها حياة أو صحة الإنسان أو الحيوان أو النبات، مع مراعاة أساليب تقييم الأخطار التي أعدتها المنظمات الدولية المختصة بالموضوع.
تقييم الأخطار، على البلدان الأعضاء أن تأخذ في الاعتبار الأدلة العلمية المتاحة، وعمليات وطرق الإنتاج المناسبة
حماية صحة الإنسان أو النبات، مع مراعاة الجدوى التقنية والاقتصادية لهذه التدابي
المعايير أو الإرشادات والتوصيات الدولية
المعايير والإرشادات والتوصيات التي وضعتها هيئة الدستور الغذائي فيما يتعلق بالمواد المضافة للمواد الغذائية، وأدوية الطب البيطري، ومخلفات مبيدات الآفات، والملوثات، وطرق التحليل وأخذ العينات، والقوانين والإرشادات الخاصة بالممارسات الصحية؛
المعايير والإرشادات والتوصيات التي أعدت برعاية المكتب الدولي للأوبئة الحيوانية؛
المعايير والإرشادات والتوصيات الدولية التي أعدت برعاية أمانة الاتفاقية الدولية لوقاية النباتات، بالتعاون مع المنظمات الإقليمية التي تعمل في إطار الاتفاقية الدولية لوقاية النباتات